Dinas Kesehatan adalah unsur pelaksana otonomi daerah di bidang kesehatan yang dipimpin oleh seorang Kepala Dinas yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Walikota Kupang melalui Sekretaris Daerah

Kepala Dinas Kesehatan mempunyai tugas melaksanakan urusan Pemerintahan Daerah di bidang kesehatan berdasarkan asas otonomi daerah dan tugas pembantuan. Dalam melaksanakan tugas dimaksud, Kepala Dinas Kesehatan mempunyai fungsi :

·        Perumusan kebijakan daerah di bidang Kesehatan;

·        Pelaksanaan kebijakan daerah di bidang Kesehatan;

·        Pelaksanaan evaluasi dan pelaporan daerah di bidang Kesehatan;

·        Pelaksanaan administrasi dinas daerah di bidang Kesehatan; dan

·        Pelaksanaan  fungsi  lain  yang  diberikan  oleh  Walikota  terkait dengan tugas dan fungsinya.